Μια χρονιά γεμάτη διακρίσεις για τον Ναυτικό Όμιλο Ιωαννίνων ήταν το 2016.
Στην κορυφαία αθλητική διοργάνωση του 2016 οι Ολυμπιακοί Αγώνες του Ρίο, ο Ν.Ο.Ι. συμμετείχε με τρεις αθλητές που στέφθηκαν Ολυμπιονίκες. 
Για δεύτερη φορά στην διαδρομή τους ο Γιώργος Τζιάλλας και ο Γιάννης Τσίλης βρέθηκαν στη μαγική οκτάδα της Τετρακώπου των Ανδρών, ανανεώνοντας για μία ακόμη τετραετία τον τίτλο του Ολυμπιονίκη. 
Φέτος στην επίλεκτη ομάδα των διακριθέντων σε Ολυμπιακούς Αγώνες προστέθηκε και ο Στέφανος Ντούσκος, ο οποίος κατέκτησε την έκτη θέση στην Τετράκωπο ελαφρών βαρών. Μεγάλη κι αναπάντεχη επιτυχία για ένα νέο πλήρωμα!
O Ντούσκος διακρίθηκε και στη δεύτερη μεγαλύτερη κωπηλατική διοργάνωση της χρονιάς, στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Νέων, όπου κατέκτησε το ασημένιο μετάλλιο στη Δίκωπο άνευ ελαφρών βαρών. Εξαιρετική παρουσία στο ίδιο πρωτάθλημα είχε και ο Θανάσης Παλαιοπάνος κατακτώντας την 5η θέση στην Τετράκωπο Εφήβων, ενώ ο Άγγελος Μπερής πήρε την 13η θέση στο Τετραπλό Σκιφ ελαφρών βαρών και ο Άρης Γραμμενιάτης ήταν 17ος στο Διπλό Σκιφ Εφήβων.
Στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του Βραδεμβούργου η Τετράκωπος με τους Τσίλη – Τζιάλλα κατέκτησε την πέμπτη θέση, ενώ ισχυρή ήταν η παρουσία του Ομίλου και στους Βαλκανικούς Αγώνες που έγιναν στη λίμνη της Καστοριάς. Ο Ν.Ο.Ι. συμμετείχε με οκτώ αθλητές και όλοι ανεξαιρέτως πάτησαν βάθρο! Χρυσό μετάλλιο κατέκτησαν οι Κώστας Βαρδάκας και Άρης Γραμμενιάτης στη Δίκωπο άνευ των Εφήβων, ασημένιες επιτυχίες είχαν ο Θανάσης Παλαιοπάνος, στην Τετράκωπο άνευ Εφήβων, η Βίκυ Ντότη με την Οκτάκωπο Νεανίδων και οι Παντελής Σωτηρακόπουλος, Κώστας Βαρδάκας, Άρης Γραμμενιάτης, Θανάσης Παλαιοπάνος και Χρήστος Λιούγκος στην Οκτάκωπο Εφήβων. Επίσης ένα χάλκινο μετάλλιο κατέκτησαν οι Γιώργος Γραμμενιάτης και Ανδριανός Οικονόμου  στην Οκτάκωπο των Παίδων.

Στην Ελλάδα
Όσον αφορά στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα Κωπηλασίας, ο Ναυτικός Όμιλος Ιωαννίνων συνέχισε την παράδοση που τον θέλει Πρωταθλητή Ελλάδος! Aυτή ήταν η 28η χρονιά που κερδίζει τον επίζηλο τίτλο. Στην α΄ φάση της διοργάνωσης ο Όμιλος κατέκτησε 19 μετάλλια, εκ των οποίων οκτώ χρυσά, ενώ στη β΄ φάση που διεξήχθη με μεγάλη επιτυχία στα Γιάννενα με τον Ν.Ο.Ι. ως οικοδεσπότη σύλλογο, οι αθλητές του κατέκτησαν τέσσερα μετάλλια, εκ των οποίων το ένα χρυσό. Πολυνίκης για το 2016 αναδείχθηκε ο Ν.Ο. Θεσσαλονίκης, με διαφορά ένα μετάλλιο από τον Ν.Ο.Ι..
«Με όλες αυτές τις επιτυχίες και διακρίσεις οι κωπηλάτες του Ναυτικού Ομίλου Ιωαννίνων, παλιοί αλλά και νέοι, απέδειξαν ότι, παρά τις δυσκολίες, η Γιαννιώτικη Κωπηλασία παραμένει η πιο ισχυρή δύναμη του αθλήματος σε πανελλήνιο επίπεδο κι ο Ν.Ο.Ι. ένα «φυτώριο» που δε σταματά να αναδεικνύει πρωταθλητές, οι οποίοι πρωταγωνιστούν στους διεθνείς στίβους», σημειώνεται από τον σύλλογο.